С мастером-вором Гарреттом связывается хранитель Артемус, который просит его выкрасть две священные реликвии хаммеритов и язычников. Вместе с тем Гарретту становится известно, что приход Неописанных Времен был предсказан давным-давно. Получив доступ к пророчествам Хранителей, Гарретт узнает, что древняя книга, известная как "Компендиум Бесчестия", содержит больше информации о пророчестве. По мере того как Гарретт пытается разгадать тайну, ему становится все более и более ясно, что в ордене Хранителей есть предатель.
Thief: Deadly Shadows - третья игра во франшизе Thief. Она продолжает подвиги главного героя сериала и мастера-вора Гарретта в фантастическом мире, в котором сочетаются элементы позднего средневековья с викторианской эпохой. Игра придерживается той же философии дизайна и структуры геймплея, которые отличали ее предшественников. Как и прежде, скрытность является ключом к успешному завершению миссий. Избегая конфронтации со стражниками, Гарретт должен продираться сквозь уровни к своей цели. Тени и звуки играют большую роль, поскольку стражники будут реагировать на подозрительные шумы, и изучение их режима патрулирования имеет важное значение.
Несколько элементов игрового процесса были слегка изменены. Гарретт больше не может плавать, но научился пользоваться альпинистскими перчатками, которые прикрепляют его к стенам. Он также может прижиматься к стенам стоя в тени, оставаясь таким образом совершенно незаметным. Игрок может видеть конечности Гарретта, даже при виде от первого лица, что позволяет выполнять более точные движения. Также возможно переключение в режим вида от третьего лица.
Наиболее значительным изменением в игровом процессе является нелинейное исследование города, которое было добавлено к в основном миссиям. Чтобы получить доступ к следующей миссии, Гарретт должен исследовать город. По пути он может подслушивать разговоры, красть ценные вещи, избегать или вырубать стражников и даже выполнять второстепенные задания, которые повлияют на его репутацию среди некоторых фракций. Однако союз с фракцией не меняет исход игры, как можно было бы ожидать в чисто ролевой игре, где игрок оказывает гораздо большее влияние на свое окружение.