Evil Genius вращается вокруг планирования и поддержания секретной подземной базы, обучения и управления приспешниками, а также совершения позорных деяний по всему миру. Игра представляет собой смесь очень простой стратегии в реальном времени, симулятора и содержит незначительные элементы головоломки, заставляющие игрока подумать о том, как выполнить задание. Конечная цель игры - исследовать, построить, приобрести дурную славу и, в конечном счете, применить одно из трех возможных супероружий и завоевать мир.
Evil Genius похож на Theme Park, , но дает игрокам возможность направлять миньонов для выполнения заданий, приспешников и их злого гения. Игра начинается с того, что игроку требуется обустроить свою базу, чтобы защитить себя от опасности. Если Злой гений когда-нибудь будет убит Силами правосудия, игра закончится.
Как Злой гений, игрок ограничен тем, что отдает приказы и полагается на штат миньонов для их выполнения. В игре есть сигнализация для повышения уровня осведомленности. Кроме того, Злой гений может назначить одну задачу или элемент как важные, заставляя искусственный интеллект взаимодействовать или выполнять их немедленно.
Задания даются игроку с помощью простого списка целей. Чтобы продвигаться по сюжету, игрок должен выполнить эти задания, но игра будет постоянно посылать врагов на остров, чтобы отвлечь игрока во время выполнения более длительных заданий. Игроки также могут отправлять миньонов в другие места по карте мира. Находясь там, миньоны могут красть предметы, выполнять миссии, красть деньги и похищать людей, которых позже можно допросить, открывая специализированных миньонов.