Действие игры разворачивается на пустынной планете Арракис. Пряность, ценный товар, привлекла внимание трех Домов (Атрейдес, Ордос и Харконнен), стремящихся выполнить поставленную императором Коррино задачу - собрать наибольшее количество спайса. Вы берете командование над одним из Домов и должны заявить права собственности на ценную пряность.
Дом Атрейдес родом с Каладана, водной планеты. Управляемая герцогом Лето, эта фракция обладает множеством сильных подразделений, которые обеспечивают ей превосходство в воздухе. Благородный Дом Атрейдес полагается на свою честь и союз с уроженцами планеты, фрименами, свободной и слабо развитой расой, ожидающей прихода Мессии.
Дом Ордос родом из ледяного мира планеты Сигма Дракона IV. Они в значительной степени зависят от импорта товаров, поскольку у них мало природных ресурсов. Богатство, полученное от торговли, используется для строительства подразделений и развития инфраструктуры, но в результате Дом Ордос становится очень параноидальным.
Происходящие из бесплодной пустоши Гьеди Прайм, Харконнены - раса, обладающая многими человеческими чертами, по крайней мере генетически. Управляемые железной хваткой злого барона, Харконнены - жестокая и злобная раса, ранее владевшая планетой Арракис. С незапамятных времен она выступает в качестве антипода благородному роду Атрейдес.
Dune 2000 - это стратегическая игра в реальном времени, основанная на вселенной Dune Фрэнка Герберта. Игра является ремейком классической Dune II: The Building of a Dynasty, обновленной для Windows. В отличие от оригинала, ролики появляются после каждой миссии, на этот раз с живым актерским составом, как это уже было во франшизе Command & Conquer. Все, что было в Dune II, вернулось: песчаные черви, спайс, фримены, структуры, карта планеты и даже вступительный ролик представляет собой улучшенную версию оригинальной игры.