Первоначально планировалось, что агенты будут обладать навыками ученых и инженеров, также как и боевыми навыками. К сожалению, эти планы не воплотились, в игре существуют отдельно от агентов X-COM группы ученых и инженеров.

Дизайн игры претерпел множество изменений перед окончательным релизом, включая переход от реал-таймовой к тактической модели боев. Разработчики пошли на компромисс и ввели опцию выбора модели схваток для игрока.

В игре было запланировано множество новинок, так и не реализованных в финальном варианте. Это поддержка мультиплеера (до 8 игроков на одном компьютере, игра по email или lan), большее число навыков для агентов (вождение, полет, внимание), генератор сценариев для быстрой игры в тактических схватках (играя за любую сторону, включая чужих).