Рассказывая о неудачных опытах с технологией телепортации, доктор Айзек Кляйнер упоминает, что подопытные "смешивались с ДНК мухи". Это отсылка к фильму Муха 1986 года. Также есть упоминание про неудачный эксперимент с кошкой. Это отсылка к другому фильму Муха — 1958 года.
В главе Восточная Чёрная Меза для обучения игрока владению гравипушкой в игру вводится "мячик" Пса — шаровая мина альянса, с отключённой возможностью нанесения ударов электричеством. Если при помощи гравипушки перенести эту мину в следующую главу ("Мы не ходим в Рэйвенхолм…"), то она будет убивать хедкрабов и отвлекать на себя зомби, позволяя игроку спокойно расстреливать "играющих с мячиком" монстров. Однако отец Григорий будет стрелять по "мячику", пытаясь его уничтожить. С шаровой миной можно залезть в люльку, но до конца "мячик" не доедет с игроком.
