Как и в случае с Actua Soccer 3, Electronic Arts столкнулась с возможным судебным иском в Португалии за использование названий игроков и команд без разрешения FutePro, их законного владельца. В то время как продукция Gremlin была изъята из магазинов, FIFA (у которой впервые появилась локализованная обложка с изображением национальной сборной и полузащитника "Фиорентины" Руя Косты) продолжала продаваться столько, сколько хотели магазины. Не было никаких известий о заключении соглашения между обеими сторонами, но либо EA выплатила компенсацию, либо FutePro решила закрыть вопрос, опасаясь долгих и дорогостоящих юридических процедур.
Игра FIFA 99 получила следующие награды:
Лучшая спортивная игра года (совместно с FIFA 98: Road to World Cup и World Cup 98) (Computer Gaming World)
Лучшая спортивная игра 1998 года (Power Play)
Лучшая футбольная игря для N64 в 1999 году (Total! Germany)
