Эйприл О'Нил, репортер и подруга черепашек-ниндзя, похищена злодеем Шреддером и двумя его головорезами, Бибопом и Рокстеди. Четыре черепашки-ниндзя Рафаэль, Микеланджело, Донателло и Леонардо пробиваются сквозь орды пехотинцев, чтобы спасти Эйприл. Они сражаются со знакомыми врагами, такими как безумный ученый Бакстер Стокман, генерал Трааг из Измерения Икс и злобный инопланетянин Брэйн Крэнг, вплоть до финальной схватки с самим Шреддером.
Teenage Mutant Ninja Turtles II: The Arcade Game - это аркадная игра, созданная Konami на пике популярности мультсериала. В PC версии игры могут принять участие до двух игроков. Геймплей игры напоминает упрощенный Double Dragon. В то время как большинство обычных врагов-пехотинцев легко уничтожаются, некоторые атакуют ножами или лучевыми пистолетами и, следовательно, более опасны. В конце каждого уровня игроки сталкиваются с боссом (или в некоторых случаях с двумя боссами, работающими в тандеме, такими как Бибоп и Рокстеди).
Версия игры для NES и PC содержит дополнительный контент, которого нет в других версиях игры: два новых уровня (заснеженный Центральный парк и Додзе), новые боссы (в том числе Тора, Сегун и Бакстер Стокман в роли мухи), дополнительные музыкальные треки, а также больше вариаций пехотинцев.