Игра начинается с поединка между Кеном Хаябусой (отцом Рю Хаябусы) и другим неназванным ниндзя. Кен убит, и вскоре после этого Рю находит письмо от своего отца. В письме ему предписывается разыскать археолога Уолтера Смита. Однако, добравшись до Америки, Рю попадает в плен к молодой девушке, которая дарит ему статуэтку Тьмы. Позже выясняется, что соединение этой статуэтки с другой, похожей на нее, вызвало бы древнего демона и стало верной смертью для каждого живого существа.
Разысканный Уолтер многое рассказывает Рю о связи между статуэтками Света и Тьмы. Однако во время их разговора ниндзя запрыгивает в дом Уолтера и крадет статуэтку Тьмы. Рю преследует его, и ему удается вернуть древний артефакт, но по возвращении обнаруживает, что Уолтер убит, а статуэтка Света украдена.
Ninja Gaiden - это динамичный экшн-платформер. Рю должен пройти сцену, заполненную различными врагами, которых он должен уничтожить своим мечом. Враги обычно находятся в труднодоступных местах - особенно на более поздних уровнях. После победы над всеми врагами в пределах уровня Рю доберется до босса (чей показатель здоровья сравним с показателем Рю). Как правило, в уничтожении босса нет никакого секрета, просто от его атак невероятно трудно уклониться, что делает его очень трудным для игроков, потерявших здоровье в других частях уровня. Из-за этого обычно требуется несколько прохождений уровня - и запоминание местоположений врагов является ключевым моментом.
У Рю также есть различные бонусы, которые помогают ему. Например, один из них дает ему возможность совершать вращательную атаку, когда он прыгает. Эта способность, известная как Прыжок и удар, делала некоторые бои с боссами слишком легкими. Есть также предметы, которые просто увеличивают счет игрока на разные суммы. Усиление здоровья (встречается всего два или три раза за всю игру) пополняет шесть пустых ячеек здоровья.