Harry Potter and the Order of the Phoenix следует сюжету одноименного романа Джоан Роулинг с мальчиком-волшебником в главной роли. Гарри Поттер вернулся в Школу Чародейства и Волшебства Хогвартс на пятый год обучения, но происходит много изменений; Долорес Амбридж отменяет сумасшедшие правила и пытается свергнуть Дамблдора, нынешнего директора школы.
Игрок берет под свой контроль Гарри, когда он отправляется в свое приключение и создает тайное общество для обучения магии. За ним внимательно следят его товарищи Рон Уизли и Гермиона Грейнджер, хотя они не являются игровыми персонажами. Есть несколько случаев, когда вы играете за другого персонажа, например, за одного из близнецов Уизли, Сириуса Блэка и Дамблдора, но игровой процесс существенно не отличается. События в игре тесно связаны с сюжетом и действием фильма, а дополнительные задания ограничены описанием мира, созданного Джоан Роулинг.
В игре используется открытый мир, позволяющий игроку свободно исследовать Хогвартс, а сюжет дополняется кат-сценами и конкретными действиями и мини-играми. Игра вращается вокруг двух основных квестов: вербовки членов в Армию Дамблдора, а затем создания хаоса профессору Амбридж с помощью собранной группы студентов. Каждый из этих квестов дополнен более мелкими заданиями, обычно сводящимися к оказанию помощи другим ученикам в школе и вокруг нее. В этих заданиях нет определенного порядка, и во время их выполнения игрок может принимать участие в играх волшебников (включая взрывающиеся карты, плюй-камни и магические шахматы).