Игра начинается, когда главный герой Конрад Б. Харт убегает по коридору от пары мужчин, вооруженных лазерным оружием. Конрад прыгает на ховербайк и временно ускользает от нападавших; однако гораздо более крупный транспорт вскоре бросается в погоню и быстро сбивает машину Конрада. После краткого осмотра места крушения вооруженный транспорт улетает, оставляя Конрада умирать в глубине неизвестных джунглей.
На следующий день Конрад просыпается в инопланетных джунглях на планете, известной как Титан. Становится очевидным, что он ничего не помнит о событиях, предшествовавших погоне. Проснувшись, он замечает кубический предмет, оказавшийся электронным дневником. Куб содержит сообщение, записанное главным героем до того, как он потерял память. Он не дает никаких подсказок относительно того, что произошло, но предлагает ему разыскать своего друга Иена, который находится в Нью-Вашингтоне. Вслед за этим Конрад отправляется навстречу опасностям этой планеты, чтобы найти Йена и понять происходящее.
Flashback: The Quest for Identity - это 2D-приключенческая платформерная игра, дополненная пазловыми элементами. Идет 2142 год, и ваш протагонист - Конрад Б. Харт, агент Бюро расследований Галаксии. Он должен восстановить свои утраченные воспоминания, чтобы спасти Землю, пока не стало слишком поздно. Подобно более ранней игре Out of This Wo от компании Delphine, Flashback отличается использованием ротоскопированной анимации, позволяющей визуально плавно отображать различные движения персонажей.