Оказавшись на грани поражения от союзников, советское руководство осуществляет отчаянный план. Советы тайно построили машину времени под Кремлем. Используя эту машину времени, советские лидеры отправляются в прошлое и убивают Альберта Эйнштейна, тем самым удаляя все технологии, которые он мог создать, чтобы помочь союзникам. Возвращаясь к настоящему, Советы находятся на грани завоевания всей Европы. Однако на этот раз изменение невольно создало новую сверхдержаву - Империю Восходящего Солнца. Таким образом, мир погружается в трехстороннюю войну.
Красочная, походная атмосфера серии возвращается в Red Alert 3, начиная от полнометражных видео-брифингов о миссиях и сюжетных эпизодов, а также диковинных юнитов. Новым в Command & Conquer является возможность совместной игры в кампании. Игроки могут играть онлайн со своим другом или выбрать игру в одиночку, и в этом случае им поможет командир, управляемый искусственным интеллектом. Играя в одиночку, игроки могут отдавать некоторые общие приказы своему сокомандиру, например, атаковать конкретную цель. Морские сражения играют важную роль в Red Alert 3, поскольку почти на всех многопользовательских картах изображены большие водоемы для военно-морских подразделений. Игра избавляется от традиционных месторождений руды для получения ресурсов и вместо этого предлагает ограниченные рудные шахты, для которых требуется только один комбайн.
В игре представлены три фракции, каждая из которых имеет свои отличия в тактике игрового процесса. Союзники обладают уникальными технологиями, такими как призматические лучи и маскировочные поля, а также являются фракцией военно-воздушных сил. Советы делают упор на грубую силу с помощью мощных танков. Империя располагает сильным флотом и трансформирующимися подразделениями. В игре представлено примерно 10 миссий для каждой фракции. Кампания Империи заблокирована до тех пор, пока игрок не завершит советскую кампанию и кампании союзников. Есть три возможных окончания игры, каждое из которых ставит соответствующую фракцию победителем в войне.